La protection du patrimoine souterrain est une priorité de la communauté spéléologique. Il comprend deux aspects :

• le patrimoine non vivant : géologique, karstologique, minéralogique...
• le patrimoine vivant : toute faune cavernicole (insectes, chiroptères, bactéries, champignons...), exceptionnellement une flore spécifique d'entrée de cavité. 

Au niveau national, cette priorité se traduit par une double reconnaissance ministérielle. En effet, la Fédération française de spéléologie possède un agrément du ministère en charge de l'environnement depuis 1978. De plus, à l'occasion du Grenelle de l'environnement, une convention entre la FFS et le gouvernement a été établie pour reconnaître et renforcer l'implication des spéléologues dans la protection du milieu souterrain.

De manière concrète, sur le terrain, les spéléologues s'engagent à respecter des chartes de bonne conduite édictées par la FFS. Ces chartes concernant l'activité spéléologie et canyonisme mettent en avant le respect de l'environnement et de la règlementation en vigueur.

Localement, au niveau du département des Bouches-du-Rhône et des clubs, de nombreuses actions sont entreprises : dépollution de cavités, participation à des inventaires de faune cavernicole, inventaire de cavités et canyons sensibles. Voir la page de la commission environnement pour plus d'informations.